El Ministerio de Transporte y Obras Públicas, a través de la Subsecretaría de Puertos y Transporte Marítimo y Fluvial, es el encargado de establecer los requisitos para la obtención de matrículas y su respectiva renovación  tanto para empresas que inician actividades relacionadas a la industria marítima y portuaria del país, así como para aquellas que renuevan cada año sus permisos para operar en los diferentes terminales.